繁華大都會美國紐約,邪惡領袖施萊德率領的大腳幫在城市內為非作歹,甚囂塵上。安保公司老板埃里克·薩克斯(威廉·菲德內爾 William Fichtner 飾)推出最新安保系統,發誓維護城市的和平。第6頻道女記者愛普爾·奧尼爾(梅根·??怂?Megan Fox 飾)偶然拍到大腳幫被四名神秘俠客挫敗的畫面,在第二次遭遇非常事件時,她驚訝地發現四名俠客竟然是變異后的巴西龜:拉斐爾、列奧納多、米可朗基羅、多納泰羅。忍者神龜的名字勾起了愛普爾兒時的記憶,當年她的父親與薩克斯正是研究生物變異實驗的伙伴。她將這個消息告訴給薩克斯,可是在和忍者神龜及其老師斯普林特會面后,才發覺薩克斯與施萊德是這座城市內的罪惡之源……